مسجد با صفای “حنانه” که یادآور مظلومیت حضرت سید الشهداء می‌باشد در بین راه نجف و کوفه، سمت شمال آن، واقع است.به هنگام حمل سرهای مبارک شهیدان کربلا به کوفه، سر مقدس ابا عبدالله را بر زمین این مسجد گذاشتند. گفته اند در این هنگام صدایی شبیه به ناله بچه شتری (حنانه) که مادرش را گم کرده باشد بلند شد. از این رو بعدها در آن مکان مسجدی ساختند که آن را حنانه نامیدند.مسجد حنانه ضریح کوچکی دارد و در نزدیکی مسجد فوق، مقبره “الثویه” واقع است که بسیاری از یاران و صحابه امام علی (علیه السلام) در آن جا دفن شده اند.امام صادق (علیه السلام) در این محل فرود آمده و نماز خوانده‌اند. هنگامی که علّت را پرسیدند، فرمودند: وقتی سرهای شهیدان کربلا را به کوفه می‌آوردند تا به حضور عبید الله بن زیاد ببرند، سر مقدّس حضرت سید الشهدا (علیه السلام) را در این محل بر زمین نهاده اند.
