به گزارش نبض سحر، آیت الله بهجت تحصیلات ابتدایی را در مکتب خانه فومن گذراند و در همان شهر به تحصیل مقدمات علوم اسلامی پرداخت. در سال ۱۳۴۸ ق. در سن چهارده سالگی به عراق رفت و در کربلا به تحصیل مشغول شد. پس از آن در سال ۱۳۵۲ ق. به نجف اشرف مهاجرت نمود و قسمت‌های پایانی سطح را زیر نظر اساتیدی چون مرتضی طالقانی به پایان رساند. وی درآنجا پس از درک محضر میرزای نائینی و آقا ضیاءالدین عراقی، به حوزه درسی محمدحسین غروی اصفهانی پیوست و علاوه بر این از محضر سید ابوالحسن اصفهانی و محمدکاظم شیرازی بهره برد.
و علوم عقلی را نزد سید حسن بادکوبه‌ای فرا گرفت. در سنین ۱۷ یا ۱۸ سالگی در سلک شاگردان اخلاقی – عرفانی سیدعلی قاضی درآمد.
بعد از پایان رسانیدن تحصیلات خود در سال ۱۳۲۴ ش. (۱۳۶۴ ق.) به ایران بازگشت چند ماهی را در فومن ماند و پس از تشکیل خانواده بر آن شد که دوباره به حوزهٔ علمیهٔ نجف برود.
در راه قصد زیارت حرم حضرت فاطمه معصومه و اطلاع یافتن از وضعیت حوزهٔ قم را کرد؛ ولی در طول چند ماهی که در قم توقف کرده بود، خبر فوت استادان بزرگ نجف یکی پس از دیگری شنیده می‌شد، لذا او تصمیم گرفت که در شهر قم اقامت کند و در آنجا تحصیلات خود را با حضور در جلسات درس کوه کمری و بروجردی ادامه بدهد.
پس از چند ماه اقامت در حوزه علمیه قم که نوپا بود، بنا به نقل مصباح یزدی، برجسته‌ترین شاگرد علمای دینی شد. آیت الله العظمی بهجت در ۲۷ اردیبهشت ۱۳۸۸ به علت ایست قلبی درگذشت. و پیکر ایشان در حرم حضرت فاطمه معصومه (س) به خاک سپرده شد.
آقای مصباح می گوید: آیت الله بهجت از مرحوم آقای قاضی (ره) نقل می کردند که ایشان می فرمود:« اگر کسی نماز واجبش را اول وقت بخواند و به مقامات عالیه نرسد مرا لعن کند! و یا فرمودند: به صورت من تف بیندازد. »
اول وقت سرّعظیمی است « حافظوا علی الصلوات: در انجام نمازها کوشا باشید. »
خود یک نکته ای است غیر از « أقیموا الصلوه: و نماز را بپا دارید. » و همچنین که نماز گزار اهتمام داشته باشد و مقید باشد که نماز را اول وقت بخواند فی حدّ نفسه آثار زیادی دارد، هر چند حضور قلب هم نباشد. »
« روزی آقا در ارتباط با ولایت و عظمت آن فرمودند: در نجف یا کاظمین یکی از آقایان قریب ۱۰ یا ۱۵ نفر از اهل علم را برای ناهار دعوت کرده بود ولی فرستاده آقا اشتباهاً طلاب یک مدرسه را که قریب ۶۰-۷۰ نفر بودند دعوت کرده بود. وقتی میهمانان آمده بودند وی دیده بود گذشته از این که جا برای نشستن آنها کم است غذا نیز خیلی اندک است، بی درنگ به ذهنش خطور کرد که آیت الله حاج شیخ فتحعلی کاظمینی را از جریان با خبر سازد.
وقتی خبر به آقا رسیده بود فرموده بود: دست به کار نشوند تا من بیایم. تا اینکه ایشان تشریف می آورد و می فرماید: یک پارچه سفید آب ندیده برایم بیاورید. و ظرف برنج را وارسی کرد و سرپوش را برداشته و آن پارچه را به جای سرپوش می گذارد و می فرماید: حال ظرفها را به من بدهید، من غذا می ریزم و شما تقسیم کنید، و مکرر می فرموده است:
« ها علیّ (ع) خیر البشر، و من أبی فقد کفر: هشدار، که علی علیه السلام بهترین
انسانهاست، و هر کس [ولایت او] را نپذیرد[ به خدا ] کفر ورزیده است.
بحار الانوار، ج۲۶، ص۳۰۶، روایت ۶۶ و ۶۸ »
تا اینکه به شرافت مقام شامخ علی علیه السلام تمام میهمانان را از آن دیگ غذا داده بود و هنوز طعام دیگ به آخر نرسیده بود ».
یکی دیگر از شاگردان آقا (آقای تهرانی) این قضیه را نقل میکرد:
« آن گونه که به یاد دارم حضرت استاد این قضیه را مکرر به این صورت نقل می فرمودند که مرحوم حاج میرزا حسین نوری(ره)، صاحب کتاب «مستدرک الوسائل» در سامراء به شخصی فرموده بودند که برای شب پنجشنبه و جمعه صد نفر را دعوت کن، ولی شخص قاصد صد نفر را برای شب پنجشنبه دعوت کرده بود ( در حالی که منظور حاجی نوری(ره) این بود که پنجاه نفر برای شب پنجشنبه، و پنجاه نفر برای شب جمعه دعوت کند، و برای شب پنجشنبه غذای پنجاه نفر را تدارک دیده بود. )
وقتی حاجی از جریان باخبر می شود می فرماید: سریعاً آخوند ملا فتحعلی سلطان آبادی (ره) را که در سامراء اقامت داشته است، خبر کنید. مرحوم آخوند به محض اطلاع از قضیه می فرماید: غذا را نکشید تا من بیایم. وقتی تشریف می آورند می فرماید: یک پارچه آب ندیده بیاورید، پارچه را می آورند و ایشان آن را روی ظرف غذا قرار می دهد و سه بار دست خود را روی پارچه می کشند و در هر بار می فرمایند: « ها علی(ع) خیر البشر، من أبی فقد کفر. » و بعد می فرمایند: حالا غذا را بکشید، غذا را می کشند و تمام مهیمانها را غذا می دهند. »
